Comemora-se em 2017, 20 anos de monitoramento da qualidade das águas, realizado pelo Governo de Minas Gerais. No início do monitoramento, o trabalho era realizado pela Fundação Estadual do Meio Ambiente (Feam), sendo assumido pelo Instituto Mineiro de Gestão das Águas (Igam) em 2001.
A rede de monitoramento da qualidade das águas superficiais é composta por uma macro rede de 569 estações de amostragem, que realizam o monitoramento dos cursos d’água. A rede é distribuída nas bacias hidrográficas dos rios São Francisco, Grande, Doce, Paranaíba do Sul, Mucuri, Jequitinhonha, Pardo, Buranhém, Itapemirim, Itabapoana, Itanhém, Itaúnas, Jucuruçu, Peruípe, São Mateus, e Piracicaba/Jaguari. Na sub-bacia da Lagoa da Pampulha e no entorno da Cidade Administrativa de Minas Gerais (CAMG), e Parque Estadual Serra Verde (PESV), são operadas redes de monitoramento específicas, que possuem 21 estações de monitoramento. São adotados cerca de 54 parâmetros de monitoramento, sendo estes físicos, químicos, microbiológicos entre outros. São fundamentais para caracterizar a qualidade e o grau de contaminação dos cursos d’água. As amostragens, com frequência trimestral, levam em consideração os diferentes períodos do ano como a seca e a chuva. Em 13 estações localizadas na bacia do Doce e 10 na calha do rio das Velhas, o monitoramento ocorre mensalmente, desde o ano 2007, em função do acompanhamento das florações de cianobactérias que ocorrem principalmente nesses rios.
Em janeiro de 2016, o governo de Minas Gerais e a Agência Nacional de Águas (ANA) firmaram um acordo de cooperação, para garantir a aplicação dos recursos provenientes do Programa Nacional de Qualidade da Água (Qualiágua). Esse acordo objetiva transferir recursos financeiros para os estados que cumprirem as metas pactuadas de monitoramento, e divulgarem seus dados de qualidade da água.