Uma série de ações norteia práticas relacionadas ao meio ambiente desde que de acordo com a Superintendência da Zona Franca de Manaus (Suframa). Sao realizadas ações que permitem ordenar o espaço territorial para orientar a concessão e ocupação de áreas e indicar modelos de uso sustentável do solo. No entanto, há melhorias a serem feitas, como por exemplo a gestão de resíduos, para a qual foram apontadas propostas de melhoria por pesquisadores da Agência de Cooperação Internacional do Japão (Jica), publicadas em 2010, depois de um estudo realizado no Polo Industrial de Manaus (PIM).
Foi apontado pela Jica que 628,9 toneladas de resíduos eram geradas pelas fábricas por dia, sendo quase 120 toneladas de resíduos industriais perigosos. Em 2009, pouco mais de 50% das fábricas de Manaus não tinham plantas de tratamento de efluentes. A Lei Municipal 1.192/2007m obriga qualquer empresa com pelo menos 40 funcionários a instalar uma estação própria de tratamento de efluentes, sendo o número médio de funcionários no PIM 264 trabalhadores por empresa, parte das indústrias não cumpre com a lei. Ainda segundo o estudo, tanto o aterro particular quanto o municipal usados como destinos finais dos resíduos não possuem licença ambiental de operação.
De acordo com o presidente do Instituto de Inteligência Socioambiental Estratégica da Amazônia (Piatam), Alexandre Rivas, doutor em Economia Ambiental e Finanças Públicas e com a doutora em Ciência Ambiental, Thais Brianezi, há falhas a serem corrigidas dentro do sistema da Zona Franca voltada ao propósito ambiental e de preservação da floresta. Para eles, é preciso que, após a prorrogação dos incentivos fiscais da Zona Franca de Manaus até o ano de 2073, aprovada pelo senado em 2014, a demanda sobre os aspectos da biodiversidade seja devidamente levada em consideração pelos órgãos competentes.